W latach 1921–1922 organizował Zakład Anatomii Uniwersytetu Poznańskiego.
Był członkiem Polskiej Akademii Lekarskiej, członkiem czynnym Polskiej Akademii Umiejętności, członkiem Towarzystwa Naukowego we Lwowie.
Zajmował się głównie anatomią prawidłową i porównawczą układu nerwowego. Pierwsze prace dotyczyły rozwoju mostka i jego kostnienia; następnie poświęcił się badaniu embriologii opon, zatok opony twardej i żył mózgu. Badał wpływ nikotyny na ośrodki oddechowy i naczynioruchowy u zwierząt. Część prac, m.in. dotyczących anatomii układu limfatycznego nigdy nie została opublikowana. Brał udział w ukończeniu prac nad podręcznikiem anatomii prawidłowej Adama Bochenka. Jego habilitantami byli Edward Loth, Tadeusz Marciniak i Marian Kostowiecki. Uczennicą Markowskiego była też późniejsza profesor anatomii Janina Sokołowska-Pituchowa.
W 1944 roku podczas przymusowego wysiedlania Polaków ze Lwowa wyjechał z rodzinnego miasta.
Przypisy
Bibliografia
Linki zewnętrzne Prace Józefa Antoniego Markowskiego w bibliotece Polona