Później wyjechał do Paryża, gdzie poznał Alexandra von Humboldta.
Od 1822 osiedlony z rodziną w Bazylei prowadził praktyki w bazylejskim Spitalgottesacker St. Johann, równolegle był profesorem chirurgii, anatomii i powstającej dopiero psychiatrii. Jedną z jego reform było wprowadzenie pełnej ewidencji szpitala z pełną dokumentacją zgonów, czego wcześniej nie praktykowanoSpitalgottesacker St. Johann.. Był również założycielem szpitala Anstalt zur Hoffnung – zakładu dla dzieci upośledzonych umysłowo, czynił także starania o powstanie szpitala psychiatrycznego w Bazylei. W mieście tym został profesorem na wydziale medycznym, który bardzo szybko zreformował w nowoczesną placówkę naukową. W późniejszych latach wybrano go rektorem Uniwersytetu BazylejskiegoPatrich Vandermeersch The Freud/Jung debate. Jung senior zmodernizował również szpital uniwersytecki przekształcając go w publiczną klinikęStaatsarchiv Basel Szpital uniwersytecki.. Od 1855 do 1864 był pierwszym profesorem zwyczajnym interny na uniwersytecie w Bazylei. Był założycielem Muzeum Anatomii przy uczelni.