Taxonomy Working Group, 2008324Turtle Taxonomy Working Group, 2009333Turtle Taxonomy Working Group, 2010328Turtle Taxonomy Working Group, 2011330Turtle Taxonomy Working Group, 2012331Turtle Taxonomy Working Group, 2014335Turtle Taxonomy Working Group, 2017356
Wobec upowszechnienia w ostatnich latach badań genetycznych, należy liczyć się z dalszymi zmianami w systematyce żółwi, ponieważ typy morfologiczne nie zawsze idą w parze z wynikami badań DNA określającymi filogenezę, czyli wzajemną bliskość poszczególnych gatunków.
Filogeneza Żółwie ze swoim pancerzem, są zwierzętami bardzo tajemniczymi, ponieważ nie przypominają żadnego innego stworzenia i wciąż nieznane jest ich dokładne pochodzenie. Pozycja filogenetyczna żółwi nie jest ustalona i pozostaje przedmiotem wielu sporów. W linneuszowskiej klasyfikacji żółwie należą do gromady gadów, niestety wraz z rozwojem nauki klasyfikacja ta powoli staje się nieaktualna. Zgodnie z teorią ewolucji wszystkie współcześnie żyjące organizmy mają wspólnego przodka, w związku z tym sztywna klasyfikacja Linneusza stwarza wiele niejasności, przedefiniowano więc tradycyjny podział. W chwili obecnej żółwie zaliczane są do gromady zauropsydów i podgromady anapsydów lub podgromady diapsydów z kladu Sauria, które wtórnie utraciły otwory skroniowe.