Scheele zaręczył się z nią już wcześniej, odkładał jednak długo ślub uzasadniając to brakiem odpowiedniego majątku. Jednocześnie odrzucił propozycje objęcia posady nadwornego chemika w Sztokholmie, Berlinie i Londynie.
Zmarł przedwcześnie 21 maja 1786 r. w Köping, zły stan zdrowia spowodowała praca nad szkodliwymi związkami bez odpowiedniej wentylacji, miał też zwyczaj smakowania wyodrębnianych przez siebie substancji (opisał smak m.in. cyjanku wodoru i innych trucizn); ponadto wielokrotnie wdychał także chlor podczas prezentacji, chociaż zdawał sobie sprawę z jego toksyczności. Za sprawą pośpiesznego ślubu Scheele chciał zabezpieczyć Margaretę Pohl, która – jako wdowa – została ponownie właścicielką apteki.
Praca badawcza Pomimo że nie miał profesjonalnego laboratorium i pracował w trudnych warunkach, jego dorobek jest obszerny. Najbardziej znany jest z odkrycia tlenu, którego dokonał prawdopodobnie w 1770 r. metodą prażenia tlenku rtęci (wcześniej od Josepha Priestleya), a także obliczył przybliżoną jego zawartość w powietrzu, jednak wyniki interpretował według teorii flogistonu. Publikacja tego odkrycia nastąpiła dopiero w 1777 r., dwa lata później niż w przypadku Priestleya. W 1770 r.