W miarę rozwoju filogenetyki niektóre grupy były wyłączane z klasy. W pewnym momencie istniała tendencja do przenoszenia wszystkich glonowców, podzielonych na odrębne klasy, do królestwa Protista jako tzw. grzyby rzekome lub protisty grzybopodobne, z zastrzeżeniami co do skoczkowców, których powiązania z tzw. grzybami wyższymi wydają się bezsporne. W systemie sześciu supergrup eukariontów sprzężniaki i skoczkowce (w tym blastokladiowce i jednorzęskowce) są zaliczane do supergrupy Opisthokonta, razem z właściwymi grzybami (również ze zwierzętami, wiciowcami kołnierzykowymi i kilkoma innymi grupami pierwotniaków), a więc są uznawane za przedstawicieli królestwa grzybów. Supergrupa ta charakteryzowana jest obecnością pojedynczej wici skierowanej ku tyłowi (stąd jej nazwa). Lęgniowce są zaliczane do supergrupy Chromalveolata (razem z niektórymi glonami i pierwotniakami). Plazmodioforowe zaś włączono do supergrupy Rhizaria (razem z niektórymi ryzopodialnymi pierwotniakami) jako specyficzną grupę śluzowców (przy czym właściwe śluzowce należą obecnie do innej supergrupy).