Po 1989 thumb|ZETO Rzeszów – budynek po remoncie Z początkiem lat dziewięćdziesiątych na fali przemian ustrojowych rozpoczęły się w przedsiębiorstwach ZETO procesy prywatyzacyjne, które doprowadziły w ciągu kilku lat do sprywatyzowania się wszystkich przedsiębiorstw państwowych ZETO oraz niektórych ich oddziałów. Rozpadła się tzw. „Sieć ZETO”. Powstało 20 niezależnych już od siebie prywatnych spółek prawa handlowego (akcyjnych lub z ograniczoną odpowiedzialnością): w Białymstoku, Bydgoszczy, Częstochowie, Jeleniej Górze, Kaliszu, Katowicach, Kielcach, Koszalinie, Lublinie, Łodzi, Olsztynie, Opolu, Poznaniu, Rzeszowie, Szczecinie, Świdnicy, Tarnowie, Warszawie, Wrocławiu i Zielonej Górze. Jedynie ZETO Gdynia stała się spółką skarbu gminy, a następnie znalazła się w grupie spółek zależnych od Prokom Software.

W 2007 r. uległy likwidacji ZETO-ZOWAR SA w Warszawie, ZETO Sp. z o.o. w Gdyni, a z końcem 2011 ZETO Częstochowa.