Do pojednania pomiędzy Kościołami mogło jego zdaniem dojść jedynie na zasadzie całkowitej równości stron, przy czym o wszelkich kwestiach dogmatycznych rozstrzygałby on jako cesarz i bezstronny sędzia.
Polityka zagraniczna mały|Podobizna Teodora II z Dziejów współczesnych bizantyńskiego polihistora Jerzego Pachymeresa. Po śmierci Jana III Watazesa, Michał Paleolog, podejrzany o zdradę, zbiegł do Ikonium i popierany przez tamtejszego sułtana, wystąpił jako pretendent do korony cesarskiej. Niebezpieczeństwo, które zawisło nad Teodorem II, oddalił kolejny najazd Mongołów, który zmusił sułtana Ikonium do szukania pomocy w Nicei, a Michała Paleologa skłonił do powrotu do kraju i pogodzenia się z cesarzem. Za panowania Teodora II Bizantyńczycy zetknęli się po raz pierwszy z Mongołami. Poselstwo mongolskie zostało przyjęte przez cesarza z niezwykłym przepychem, który miał dać przybyszom wyobrażenie o potędze i bogactwie Cesarstwa Nicejskiego. lewo|mały|Michał I Asen W 1255 roku, po śmierci Jana III Watatzesa, od zachodu najechał ziemie cesarskie car bułgarski Michał I Asen zdobywając kilka twierdz w Rodopach, m.in. Stanimachos i Peristicę (obec. Perusztica). W odpowiedzi na agresję bułgarską Teodor II wyprawił się dwukrotnie przeciw Bułgarii i po ciężkich walkach odebrał utracone twierdze.