W 1970 przystąpił do organizacji (i kierował do 1994) Zakładem Biologii z Pracownią Ochrony Przyrody (przy Katedrze Nauk Biologicznych); w ciągu tego ćwierćwiecza jednostka kilkakrotnie zmieniała nazwę (Zespół Dydaktyczny Biologii z Pracownią Ochrony Przyrody, Zakład Biologii i Ochrony Przyrody), a w 1994, w roku odejścia Zdzisława Czapskiego z uczelni, zyskała status katedry.
W 1978 na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi Uniwersytetu Adama Mickiewicza Czapski przedstawił rozprawę habilitacyjną Biologiczne aspekty epidemiologii fasciolozy (Poznań 1977). W 1990 został powołany na stanowisko profesora Akademii Wychowania Fizycznego. Przez dwie kadencje pełnił na uczelni funkcję prorektora – w latach 1978–1981 ds. studenckich, w latach 1981–1984 ds. nauki. W 1979 uczestniczył w Światowym Kongresie Parazytologicznym w Warszawie i pełnił obowiązki sekretarza naukowego jednej z sekcji. W 1994 zrezygnował z pracy na uczelni ze względu na chorobę.