28 kwietnia 2000 roku ukazał się trzeci album studyjny grupy pt. Cult. 30 lipca 2010 roku ukazało się pierwsze wydawnictwo DVD formacji zatytułowane Live.
Na początku 2002 roku z zespołu odszedł Max Lilja z powodu nieporozumień z pozostałymi muzykami. Obowiązki czwartego wiolonczelisty objął ponownie Antero Manninen, który dołączył do grupy jako muzyk sesyjny. W międzyczasie zespół podpisał kontrakt ze stacją telewizyjną Fox Sports Net zezwalający na wykorzystanie kompozycji „Hall of the Mountain King” w spotach reklamowych promujących NASCAR w Stanach Zjednoczonych. 21 września w Japonii ukazała się pierwsza w dorobku zespołu kompilacja zatytułowana Best of Apocalyptica. 19 maja 2003 roku został wydany singel „Faraway Vol.2” promujący nową płytę formacji. Czwarty album studyjny grupy zatytułowany Reflections został wydany 2 października. Gościnnie w nagraniach wziął udział perkusista grupy Slayer – Dave Lombardo, który zagrał w pięciu utworach. W pozostałych kompozycjach na perkusji zagrał fiński muzyk sesyjny Sami Kuoppamäki. 6 października został wydany kolejny singel formacji pt. „Seemann”. Kompozycja będąca interpretacją utworu z repertuaru Rammstein została nagrana z gościnnym udziałem niemieckiej wokalistki Niny Hagen. Cieszący się popularnością singel dotarł m.in. do 13. miejsca niemieckiej listy przebojów.