Klemensa, a biskup Kurteff przybrał imię Cyryl. Intronizacja biskupa miała miejsce 6 lutego 1927 w sofijskiej cerkwi. Funkcję swoją sprawował aż do 1941, kiedy to zrezygnował z urzędu. Jego następcą został Ivan Garufaloff, któremu sakry biskupiej udzielił biskup Cyryl. Po śmierci Ivana w 1951 egzarchą Sofii ponownie zostaje Cyryl, który sprawuje tę funkcję przez kolejne dwadzieścia lat. W latach 1963–1967 wziął on udział w drugiej i czwartej sesji soboru watykańskiego II oraz I Zwyczajnym Zgromadzeniu Ogólnym Synodzie Biskupów. 28 kwietnia 1963 dekretem papieża Jana XXIII został powołany biskup pomocniczy eparchii Metody Stratiew, który po śmierci Cyryla w 1971 został egzarchą Sofii. 5 września 1995 ze względu na wiek został przeniesiony w stan spoczynku z nominacją arcybiskupią, a jego następcą został mianowany Christo Projkow, który od 1993 pełnił funkcję biskupa pomocniczego. W 2002 został zatwierdzony nowy statut Konferencji Episkopatu Bułgarii, na mocy którego bułgarscy biskupi greckokatoliccy również wchodzą w jej skład.
Eparchia św. Jana XXIII w Sofii 11 października 2019 papież Franciszek podniósł egzarchat do rangi eparchii i nadał jej imię Jana XXIII.