W 1913 r. w Magdeburgu założył fabrykę produkującą silniki lotnicze. Z chwilą wybuchu I wojny światowej zaangażował się w budowę samolotów. Efektem jego prac było skonstruowanie pierwszego na świecie metalowego samolotu Junkers J 1. W następnych konstrukcjach wykorzystywał duraluminium, co znacznie poprawiło osiągi jego samolotów.
W 1917 r., pod naciskiem władz, połączył swoje zakłady z przedsiębiorstwem Fokker w Junkers-Fokker-AG. Po zakończeniu wojny zakłady zostały rozdzielone.
W związku z ograniczeniami narzuconymi Niemcom w traktacie wersalskim Junkers zmienił profil produkcji na samoloty pasażerskie oraz zaczął przenosić produkcję do ZSRS i Szwecji. W tym okresie powstał udany samolot pasażerski Junkers F 13, który w 1920 r. ustanowił rekord wysokości lotu z ośmioma pasażerami na pokładzie.
Zaangażował się w tworzenie linii lotniczych – w 1921 r. założył Junkers-Luftverkehr-AG. Przedsiębiorstwo to zostało znacjonalizowane w 1926 r. przez rząd niemiecki i połączone z Deutsche Aero Lloyd w funkcjonującą do dziś Lufthansę. Ponadto tworzył linie lotnicze Scadta w Kolumbii oraz Lloyd Aereo Brasiliano.