Jednym z powodów wyłączania glaukofitów, krasnorostów i zielenic z protistów jest pierwotne pochodzenie ich chloroplastów. Te grupy (wraz z roślinami lądowymi) mają chloroplasty powstałe w drodze pierwotnej endosymbiozy (podobnie jak niespokrewniona z nimi Paulinella chromatophora), podczas gdy chloroplasty pozostałych organizmów fotosyntetyzujących powstały dzięki endosymbiozie wtórnej lub endosymbiozom wyższych rzędów. Wtórne endosymbiozy zachodzić mogły wielokrotnie w różnych, niekoniecznie spokrewnionych, grupach, przez co powszechnie stosowane dotychczas w algologii określanie pokrewieństwa na podstawie cech związanych z aparatem fotosyntetycznym jest wątpliwe. W dawnych systemach taksonomicznych glony łączono w grupy m.in. w oparciu o występowanie różnych barwników fotosyntetycznych. Przez to sugerowano pokrewieństwo euglenin i zielenic jako mających chlorofil a i b (choć inne cechy podawały ich bliskość w wątpliwość). Tymczasem nowsze badania wykazały, że bliskość ta wynika stąd, że chloroplasty euglenin są spokrewnione – a więc zapewne są efektem endosymbiozy – z zielenicami z klasy prazynofitów. Z kolei chloroplasty innych protistów – Chlorarachniophyceae – również zawierają chlorofil a i b, ale ich chloroplasty spokrewnione są z zielenicami z klasy watkowych. Zatem podobieństwo chloroplastów (np.