O. Maciel towarzyszył papieżowi Janowi Pawłowi II w czasie jego pielgrzymek do Meksyku w 1979, 1990 i 1993. Jan Paweł II powołał go także na eksperta Światowego Synodu Biskupów w Watykanie (1991, 1993 i 1997), stałego radcę Kongregacji ds. Duchowieństwa (od 1994), delegata na Konferencję Episkopatów Latynoamerykańskich w Santo Domingo (Dominikana, 1992). Maciel był również m.in. kanclerzem Papieskiego Athenaeum Regina Apostolorum w Rzymie. W 1994 uroczyście obchodził 50-lecie święceń kapłańskich.
Skandale seksualne W związku ze skandalami seksualnymi, o które oskarżony był Maciel, papież Benedykt XVI nakazał zakonnikowi rezygnację z działalności publicznej i spędzenie reszty dni na modlitwie i pokucie. W lutym 2009 roku rzecznik zakonu Paolo Scarafoni podał ponadto, że ksiądz Marcial Maciel utrzymywał regularne stosunki seksualne z pewną kobietą, która urodziła mu córkę. Miał też kilkoro dzieci z inną kobietą, które domagają się spadkuNowe dzieci ojca założyciela Legionistów Chrystusa?, Onet.pl za Le Monde, dostęp 2010-01-13.. Rok po śmierci Maciela rzecznik Legionu Chrystusa podał, że Maciel spłodził co najmniej trójkę dzieci z dwiema kobietamigazeta.pl..