W latach 50. XX wieku cmentarz przemianowano na katolicki cmentarz parafialny przy ul. Konstantego Ildelfonsa Gałczyńskiego.
1 listopada 2003 roku odbyła się pierwsza kwesta na ratowanie najstarszych nagrobków cmentarza. Inicjatorem akcji było Towarzystwo Miłośników Torunia. Z uzyskanych pieniędzy udało się odnowić płytę nagrobną pomnika Władysława Szumana oraz Mariana Sydowa. Rok później ze zebranych pieniędzy odnowiono nagrobki Johanna Ephraima Wessela oraz Mariana Dörffera. Po 2004 roku podjęto decyzję, by kwestę prowadzić co roku. 1 listopada 2021 roku zebrano 17 tys. złotych, które przeznaczono na odnowienie nagrobka rodziny Landgraf.
W latach 2004–2005 Towarzystwo Miłośników Torunia oraz Instytut Historii i Archiwistyki Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu podjęła się próby skatalogowania nagrobków. Udało się zinwentaryzować ok. 300 mogił.