Ostatni z „bytów filozoficznych”, pokutujący jeszcze od czasów alchemicznych - siła witalna, został odrzucony na skutek dość przypadkowego otrzymania mocznika z nieorganicznych substratów przez Friedricha Wöhlera w 1828 r. Pierwszą syntezę mocznika uważa się obecnie za początek współczesnej chemii organicznej. Wcześniej sądzono, że otrzymanie jakichkolwiek związków organicznych na drodze syntezy z nieorganicznych substratów jest niemożliwe, gdyż do ich otrzymania była rzekomo niezbędna tajemnicza siła witalna, którą zawierać miały w sobie wszystkie żywe organizmy, i której miała być pozbawiona materia nieożywiona.
Teoria atomistyczna a teoria ciągłości materii Drugim krokiem milowym w powstaniu współczesnej chemii było przyjęcie teorii atomistycznej, zaproponowanej w znanej dzisiaj formie przez Johna Daltona na początku XIX w. Teoria ta jednak nie została przyjęta od razu. Niemal przez cały XIX w. środowisko chemików było podzielone na jej zwolenników i przeciwników. Do najbardziej znanych przeciwników teorii atomistycznej zaliczali się: Wilhelm Ostwald i Ernst Mach, którzy rozwijali teorię ciągłej struktury materii i bardzo energicznie zwalczali „nienaukową wiarę w istnienie atomów”. Teoria ciągłości materii była paradygmatem chemii prawie do początków XX w., mimo że wiele badań (prowadzonych m.in.