Po zakończeniu kadencji rektora został skierowany do służby na rzecz informatyzacji Sił Zbrojnych. W 2003–2004 pełnił funkcję dyrektora Departamentu Polityki Zbrojeniowej Ministerstwa Obrony Narodowej. Objął też stanowisko dyrektora ds. uzbrojenia Polski przy NATO. W tym samym roku przejął dowodzenie sztabowe nad zaopatrzeniem wojsk polskich w Iraku i Afganistanie jako Szef Logistyki Wojsk Lądowych. W 2004–2008 reprezentował Polskę w Europejskiej Agencji Obrony. W lutym 2008 został przeniesiony do rezerwy.
W 2008–2012 pełnił funkcję dyrektora Instytutu Systemów Informatycznych, w którym był wcześniej zatrudniony. W 2003–2010 jako profesor wizytujący prowadził wykłady również na Wydziale Matematyki i Informatyki Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego i w Wyższej Szkole Technologii Informatycznych w Warszawie. W 2010 został wybrany na członka korespondenta Komitetu Informatyki Polskiej Akademii Nauk. W 2017 przeszedł na emeryturę.