Twórczość W kompozycjach Pachulskiego zauważalne są wpływy wielu twórców — od Schumanna po Liszta, Czajkowskiego, Arienskiego i Taniejewa. Często posługiwał się techniką polifoniczną (np. Studia kanoniczne op. 26), w utworach fortepianowych stawiał wykonawcy znaczne wymagania techniczne.
Skomponował około 100 utworów fortepianowych, m.in. Polonaise op. 5, Concert Etude op. 7, 2 sonaty — op. 10 i op. 27, liczne preludia, etiudy, walce, mazurki, impromptus. Pisał transkrypcje fortepianowe na 2 i 4 ręce utworów orkiestrowych i kameralnych, m.in. Czajkowskiego (IV, V i VI symfonia, Kaprys włoski, uwertura-fantazja Hamlet, Pezzo capriccioso op. 62, Sekstet smyczkowy „Souvenir de Florence” op. 70) oraz Antona Arienskiego (Kwartet smyczkowy G-dur), Władysława Żeleńskiego (Suita tańców polskich) i Stanisława Moniuszki (O matko moja). Ponadto napisał kilka utworów orkiestrowych, kameralnych i wokalnych.
Do najważniejszych jego kompozycji symfonicznych można zaliczyć Suitę op. 13, Marsz uroczysty op. 15 (napisany dla uczczenia 100. rocznicy urodzin Adama Mickiewicza) oraz Fantazję op. 17 na fort. i orkiestrę. Ponadto napisał kilka utworów kameralnych i wokalnych. Jego utwory wybrane nagrała m.in. Lubow Nawrocka (Henryk Pachulski – Piano Works 1, Acte Préalable, Warszawa 2008, AP0187)