Podczas powstania warszawskiego budynek szpitala oraz przylegająca do niego kaplica zostały uszkodzone. Nad częścią sakralną spalił się dach lecz sklepienie nie uległo zniszczeniu. Zachowało się również wyposażenie i ołtarz. W 1949 kościół został wyremontowany.
W 1955 wydano nakaz rozbiórki kościoła, ale wobec licznych protestów decyzja została cofnięta. W 1979 jako duszpasterz pielęgniarek posługę w kaplicy pełnił ks. Jerzy Popiełuszko.
W 1965 roku budynek, w którym znajduje się świątynia, został wpisany do rejestru zabytków.
Od lat 90. XX wieku kościół Res Sacra Miser jest użytkowany przez kilka wyznań. Od 1996 odbywają się tu niedzielne nabożeństwa kapelanii warszawskiej Kościoła Anglii. Sprawowane są też msze katolickie dla diaspory ormiańskiej i litewskiej w Warszawie.
1 grudnia 2009 dekretem ordynariusza wiernych obrządku ormiańskiego w Polsce, arcybiskupa Kazimierza Nycza, przy kościele powołano parafię ormiańskokatolicką. Jej proboszczem został ksiądz Artur Avdalyan.