Stare zabudowania klasztorne zostały przebudowane w stylu późnoromańskim, po zniszczeniu ich przez oddziały księcia Władysława Odonica i konflikcie zakonników z księciem Władysławem Laskonogim. Wzgórze zajmowane przez benedyktynów zostało otoczone kamiennym murem. W XV wieku dokonano kolejnej przebudowy, która nadała klasztorowi cechy gotyckie. W kolejnych stuleciach rola polityczna klasztoru spadła, zniszczeniu ulegały także zabudowania. Dopiero w XVIII wieku wspólnota benedyktynów na nowo zaczęła przeżywać rozkwit i dokonała przebudowy kompleksu klasztornego w stylu barokowym, która miała miejsce w latach 1760–1797. Klasztor zachował obowiązek udzielania stacjiTadeusz Brzeczkowski, Podatki zwyczajne w Polsce w XV wieku, w: Acta Universitatis Nicolai. Copernici, Historia XVIII — Nauki Humanistyczne”, z. 128, Toruń 1982, s. 58..