Kościół został przebudowany przez papieża Hadriana I w 782 roku i przekazany greckim mnichom z Konstantynopola wygnanych stamtąd przez prześladowania ze strony ikonoklastów. Kościół był znany jako Santa Maria in Schola Graeca i służył licznej kolonii greckiej osiadłej w Rzymie. Świątynia ucierpiała w 847 roku podczas trzęsienia ziemi. Jej restaurację zlecił papież Mikołaj I Wielki. Ponownie zniszczenia dotknęły bazylikę podczas najazdu Normanów w 1084 roku. Kolejną renowację zlecił Kalikst III w 1123 roku. Została wówczas wzniesiona dzwonnica. Około 1300 roku przeprowadzono kolejną renowację, która zaowocowała przebudową fasady. W średniowieczu kościół zaczął pełnić funkcję kościoła parafialnego.
W 1718 roku została przeprowadzona gruntowna renowacja przez Giuseppe Sardi, wnętrze zyskało wówczas barokowe dekoracje oraz powstała nowa barokowa fasada. Obecna wygląd fasady jest wynikiem renowacji autorstwa Giovanniego Battisty Giovanale zakończonej w 1899 roku, usunięto wówczas również barokowe detale z wnętrza kościoła.
Parafia została zlikwidowana w 1936 roku, a następnie kościół przeszedł na użytek społeczności katolickich melchitów. W 1964 roku przeprowadzono renowację fasady i dzwonnicy.