W styczniu 1999 powołano go na stanowisko sekretarza generalnego Ruchu Społecznego AWS.
W 1998 „Gazeta Wyborcza” ujawniła, że na posiedzeniu Rady Ministrów Janusz Tomaszewski zgłosił propozycję wprowadzenia całkowitego zakazu importu żelatyny do Polski, co sprzyjało interesom Kazimierza Grabka, krajowego monopolisty na rynku żelatyny.
Został odwołany z obu stanowisk w rządzie, gdy rzecznik interesu publicznego złożył w jego sprawie wniosek do sądu lustracyjnego. W lutym 2001 sąd ten uznał jego oświadczenie lustracyjne za prawdziwe.
W 2001 odszedł z RS AWS, współtworzył nowy komitet wyborczy pod nazwą Forum Obywatelskie Chrześcijańska Demokracja. W wyborach parlamentarnych w tym samym roku z jego ramienia bez powodzenia kandydował do Senatu w okręgu sieradzkim. Został następnie doradcą rektora Akademii Sztuk Pięknych w Łodzi. W 2004 brał udział w tworzeniu Partii Centrum, formacji politycznej Zbigniewa Religi.
Zajął się prowadzeniem działalności gospodarczej, w jej ramach współpracował z takimi przedsiębiorstwami jak Impel, Bioton, MPK-Łódź, Veolia i Ghelamco.