Historia Swoją nazwę jezioro wzięło od Zakonu Kawalerów Maltańskich. Wprowadzono ją urzędowo w 1974Zarządzenie nr 50 Prezesa Rady Ministrów z dnia 28 maja 1974 r. w sprawie zmiany i ustalenia nazw niektórych miejscowości i obiektów fizjograficznych ().. Jezioro zajmuje grunty należące niegdyś do kościoła św. Jana Jerozolimskiego za murami, przy którym mieściła się komandoria tegoż zakonu. W latach 80. XX w. jezioro i otoczenie zostały gruntownie zmodernizowane według projektu Klemensa Mikuły. Obecnie jest intensywnie wykorzystywane do uprawiania sportów wodnych.
W okresie zaboru pruskiego tereny maltańskie były najbardziej popularnym miejscem rekreacji polskiej ludności Poznania. Na prawym brzegu Warty Niemcy praktycznie się nie osiedlali, a do tego było tu dużo pamiątek piastowskiej historii miasta oraz czasów I Rzeczypospolitej, w tym pobliski Ostrów Tumski z Katedrą. Wypoczywających przyciągała też urozmaicona krajobrazowo dolina Cybiny (w miejscu obecnego jeziora), łąki pełne urozmaiconych kwiatów na bukiety, piaszczyste wzgórza, stare cmentarze (np. świętojański), ogródki rozrywkowe oraz stawy i młyny. Silne związki polskiej młodzieży z Maltą oraz sytuacja polityczna w końcu I wojny światowej spowodowały, że powstał zamysł stworzenia w tym miejscu parku kultury. Inicjatorem tych działań był ksiądz Stanisław Łukomski.