Drużyna rozegrała w niej dwa niepełne sezony. Koniec 1928 był początkiem poważnych kłopotów klubu: trapiony problemami finansowymi i kontuzjami graczy toczył walkę o utrzymanie. Jednak gdy Wydział Dyscypliny PZPN przyznał walkowery na niekorzyść TKS-u, a na dodatek zignorował pobicie toruńskich zawodników na stadionie Warty w Poznaniu, klub podjął decyzję o wycofaniu z rozgrywek ligowych. Próbowano powrócić do ligi przez kolejne dwa lata, ale przegrane eliminacje w 1930, w połączeniu z coraz większymi trudnościami finansowymi spowodowały upadek klubu. Nieodpowiadające ambicjom działaczy wyniki piłkarzy doprowadziły w klubie do wewnętrznego rozłamu, w wyniku którego zlikwidowano niemal wszystkie sekcje sportowe, spośród których kilka uratowano, przenosząc je do innych klubów (piłkarzy i pływaków przejął WKS Gryf – chociaż większość najlepszych piłkarzy poprosiła o przyjęcie do Polonii Warszawa, zaś tenisiści utworzyli Toruński Klub Lawn-Tenisowy). W TKS-ie pozostała jedynie sekcja hokejowa, ale i dla niej sezon 1930/31 był ostatnim.