Od grudnia 2000 do stycznia 2004 był sekretarzem stanu ds. stosunków dwustronnych w MSZ, a od stycznia do marca 2004 sekretarzem stanu ds. europejskich. Od 10 marca 2004 do 28 grudnia 2004 zajmował stanowisko ministra sprawiedliwości w gabinecie premiera Adriana Năstase. W 2004 uzyskał mandat senatora z ramienia Partii Socjaldemokratycznej (PSD). W wyższej izbie rumuńskiego parlamentu przewodniczył komitetowi obrony, porządku publicznego i bezpieczeństwa narodowego. W 2002 został członkiem PSD, a w 2005 jednym z jej wiceprzewodniczących.
1 czerwca 2008 Cristian Diaconescu wziął udział w wyborach na urząd burmistrza Bukaresztu. Zajął w nich trzecie miejsce z wynikiem 12,3% głosów, za Vasile Blagą z Partii Demokratyczno-Liberalnej (29,6%) oraz niezależnym Sorinem Oprescu (30,1%). W wyborach parlamentarnych w tym samym roku uzyskał reelekcję do Senatu.
22 grudnia 2008 objął stanowisko ministra spraw zagranicznych w gabinecie premiera Emila Boca.