Ważne funkcje, jak wycofywanie zmian i wersjonowanie zależą od spójności wewnętrznej bazy.
Logiczna struktura pakietów Pakiet opisuje instalację jednego lub więcej pełnych produktów (Windows Installer nie zarządza zależnościami między produktami) i jest opisywany przez GUID (własność PackageCode). Produkt jest złożony z komponentów, pogrupowanych w funkcje.
Produkty Pojedynczy, zainstalowany, działający program (lub zestaw programów) jest produktem. Produkt jest identyfikowany przez unikatowy GUID. Produkt nie jest tym samym czym pakiet – jeden pakiet MSI może instalować więcej różnych produktów. Na przykład MSI może instalować wersję polską i angielską tego samego programu, z których każda jest innym programem.
Komponenty Komponent to najmniejsza część produktu – każdy komponent jest traktowany przez Windows Installer jako jednostka – twórca pakietu nie może, na przykład, pod pewnym warunkiem określić instalację tylko części pakietu. Komponenty mogą zawierać pliki, katalogi, komponenty COM, klucze rejestru Windows, skróty i inne dane. Użytkownik końcowy nie oddziałuje bezpośrednio z komponentami.