5 maja 1536 w wieżę kościoła uderzył piorun, który wraz z silnym wschodnim wiatrem spowodował pożar części Delftu na zachód od Nieuwe Kerk. W 1872 w wieżę ponownie uderzył piorun. Po tym wydarzeniu wieżę poddano restauracji, w wyniku której uzyskała ona obecną wysokość tj. 108,75 m (376 schodków), co oznacza, iż w Holandii ustępuje tylko Domtoren w Utrechcie.
Wybuch ikonoklazmu w 1566 spowodował pozbawienie kościoła oryginalnego katolickiego wyposażenia. W 1572 kościół został przejęty przez kościół reformowany. 12 października 1654 w Delfcie eksplodował magazyn z 90 tys. funtów prochu. Wybuch zniszczył dachy i witraż Nieuwe Kerk oraz uszkodził jego ściany. Szkody zostały usunięte do wiosny 1655 roku.
Kościół był poddawany renowacji w latach dwudziestych, sześćdziesiątych i osiemdziesiątych XX w. Planuje się kolejną renowację w nadchodzących latach.