Kampania wrześniowa 1939 Wieczorem 2 września 1939 roku zastąpił pułkownika Stanisława Świtalskiego na stanowisku dowódcy 16 Pomorskiej Dywizji Piechoty, która wchodziła w skład Grupy Operacyjnej „Wschód” w Armii „Pomorze” generała Władysława BortnowskiegoZygmunt Bohusz-Szyszko, Szkice sytuacyjne..., s. 61.. Dowodzona przez niego dywizja, prowadząc ciężkie walki z nieprzyjacielem, wycofywała się z Grudziądza na Włocławek, a następnie w rejon Łowicza opanowanego już przez Niemców. Tam podporządkowana została dowódcy Armii „Poznań” generałowi dywizji Tadeuszowi Kutrzebie i w dniach 9–18 września wzięła udział w bitwie nad Bzurą, ponosząc ciężkie straty w walkach o Łowicz. Jej szczątki, po przeprawieniu się 18 września przez dolną Bzurę, walczyły jeszcze z niemiecką 4 Dywizją Pancerną aż do zupełnego wyniszczenia. Z niedobitkami, w sile zaledwie dwóch kompanii, płk dypl. Z. Bohusz-Szyszko przedarł się do oblężonej Warszawy i walczył w jej obronie do kapitulacji 28 września; do niewoli nie poszedł.