Prowadził gościnne wykłady w kraju i za granicą. Pod koniec 1993 wygłosił serię wykładów na prowadzonym przez Opus Dei Uniwersytecie Nawarry. Brał udział w krajowych i zagranicznych sympozjach na temat filozofii nauk szczegółowych (przyrodniczych i nauk o języku), filozofii Boga, a także refleksji nad człowiekiem i społeczeństwem.
Jego zainteresowania naukowe dotyczyły: naturalizmu metodologicznego, teizmu ewolucjonistycznego, filozofii procesu, pola racjonalności, matematyczności przyrody, emergencji i ewolucjonizmu. Zajmował się również współczesną integracją europejską oraz stosunkiem Kościoła rzymskokatolickiego do Unii Europejskiej.
Napisał ponad 50 książek i ok. 350 artykułów dotyczących problematyki filozofii oraz dialogu chrześcijaństwa z myślą współczesną. Publikował w krajowych i zagranicznych czasopismach specjalistycznych. Zainicjował wydawanie serii zeszytów „Zagadnienia Filozoficzne w Nauce” (Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie) i jej angielskiej edycji „Philosophy in Science” (Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie, Obserwatorium Watykańskie i Uniwersytet w Tucson), a także serii wydawniczej „Philosophy in Science Library” (Obserwatorium Watykańskie).