Przed ich rozpoczęciem część krajów rozważała zbojkotowanie imprezy i rozegranie konkurencyjnych zawodów. Gdy okazało się, że organizację powierzono Niemcom, w Barcelonie również ubiegającej się o prawo organizacji igrzysk, chciano zorganizować Olimpiadę Ludową. Zjechało się wielu sportowców. Jednak na dzień przed rozpoczęciem zaczął się zamach stanu generała Francisco Franco. Hiszpania i ZSRR nie uczestniczyły w igrzyskach w Berlinie.
Represje antysemickie Jeszcze przed rozpoczęciem igrzysk władze III Rzeszy zakazały Żydom uczestnictwa w organizacjach sportowych. 1 kwietnia Żydów wykluczono ze związku bokserskiego. 8 maja tego samego roku Żydzi zostali wykluczeni z turniejów tenisowych. W tym samym miesiącu podobne przepisy przyjęto w wioślarstwie.
Po zapewnieniach organizatorów berlińskich igrzysk, że zawody zostaną przeprowadzone w myśl zasad Karty Olimpijskiej, oraz przy jednoczesnych gwarancjach złagodzenia polityki antysemickiej w reprezentacji Niemiec wystąpiła florecistka Helene Mayer, a na czele komitetu organizacyjnego stanął Theodor Lewald (obydwoje pochodzenia żydowskiego).