Choć wygnany z Rzymu, Aleksander III został uznany za prawowitego papieża przez większość krajów europejskich: król. Sycylii, Anglię, Francję, Hiszpanię, Węgry i król. Jerozolimy. Wiktora IV poparły w zasadzie jedynie Cesarstwo i Polska. W Danii król Waldemar uznał antypapieża, ale duchowieństwo z prymasem Absalonem na czele poparło Aleksandra.
W latach 1162–1165 papież rezydował we Francji, gdzie przewodniczył synodowi w Tours (1163), na którym potępiono herezję katarską i ponownie wyklęto cesarskich doradców jako odpowiedzialnych za schizmę. W latach 1163–65 siedzibą kurii było Sens. Śmierć antypapieża Wiktora IV w 1164 oraz antycesarskie powstanie w Lombardii stworzyły nadzieję na zakończenie schizmy, jednak kanclerz cesarski Rainald z Dassel doprowadził do wyboru kolejnego antypapieża – Paschalisa III (1164–1168). Cesarz Fryderyk I początkowo wahał się, jednak ostatecznie udzielił poparcia Paschalisowi i wymusił to samo na swoich biskupach. Mimo to w kościele niemieckim i lombardzkim nie brakowało przeciwników kontynuowania schizmy. Kłopoty cesarza z wewnętrzną opozycją oraz starania kardynała Giovanniego z Sutri umożliwiły Aleksandrowi III powrót do Rzymu w listopadzie 1165. W 1167 Fryderyk I odzyskał jednak inicjatywę, najechał Italię, częściowo pacyfikując Lombardię i opanowując Rzym.