Aby syn Józefiny Eugeniusz mógł poślubić księżniczkę bawarską Augustę Amalię Ludwikę Wittelsbach, Napoleon adoptował go. Z podobnych przyczyn cesarz adoptował Stefanię de Beauharnais, późniejszą wielką księżną Badenii. Nie doszło natomiast do adopcji córki Józefiny – Hortensji.
Rozwód i ostatnie lata thumb|Rozwód cesarzowej Józefiny i Napoleona|300x300px Ponieważ kochanka cesarza, Eléonore Denuelle, która dała mu syna Karola (ur. 1806), nie cieszyła się najlepszą reputacją, Napoleon w pierwszych latach powątpiewał w swoje ojcostwo. Ostatecznych dowodów na to, że nie jest bezpłodny, dostarczyło mu narodzenie w 1810 syna Aleksandra. Już w czasie ciąży Marii Walewskiej, matki Aleksandra, Napoleon postanowił rozstać się z Józefiną.
thumb|Pomnik Józefiny w Parku Bois-Préau w Rueil-Malmaison|300x300px Po powrocie z kampanii austriackiej 1809 roku cesarz wezwał małżonkę do Fontainbleau i dał jej do zrozumienia, że chce rozwodu, który nastąpił 15 grudnia tegoż roku. Po rozwodzie Napoleon ponownie ożenił się, tym razem z arcyksiężniczką Marią Ludwiką Habsburg.