Po wybuchu II wojny światowej uciekł do Lwowa, gdzie został pracownikiem Akademii Nauk USRR. Po wkroczeniu wojsk niemieckich do miasta ukrywał się po stronie aryjskiej, gdzie doczekał końca wojny, zamordowane zostały jednak jego żona Marina i córka Elinka. W listopadzie 1944 roku wyjechał do Lublina, gdzie został jednym z założycieli Centralnej Żydowskiej Komisji Historycznej. W styczniu 1945 roku wyjechał do Łodzi, gdzie miał przygotować fundamenty pod działalność CŻKH. W 1945 roku wydał studium opisujące zagładę Żydów ze Lwowa i działalność obozu janowskiego. Napisał także w jidysz studium opisujące działalność obozu Auschwitz-Birkenau. W 1946 roku napisał obszerną monografię dotyczącą zagłady Żydów na ziemiach polskich. Od listopada 1945 roku prowadził zajęcia z historii Żydów na Uniwersytecie Łódzkim.
W 1946 roku zrezygnował z kierowania CŻKH, co prawdopodobnie spowodowane było konfliktami wewnątrz organizacji oraz wywieraniem na niej presji ideologicznej przez ówczesne władze. Następnie opuścił Polskę i udał się do amerykańskiej strefy okupacyjnej w Niemczech, gdzie objął kierownictwo wydziału oświaty American Jewish Joint Distribution Committee.