Narodowa Organizacja Wojskowa organizowała również pomoc dla Żydów (współpracując w Warszawie w tym celu z Frontem Odrodzenia Polski i pracownikami Wydziału Opieki Społecznej i Zdrowia Zarządu Miejskiego Warszawy). Po upadku powstania Warszawskiego, w którym walczyło w ramach oddziałów Armii Krajowej ok. 1500 żołnierzy Narodowej Organizacji Wojskowej, organizacja ponownie usamodzielniła się i w listopadzie 1944 roku współtworzyła ze scaloną z Armią Krajową częścią Narodowych Sił Zbrojnych Narodowe Zjednoczenie Wojskowe.
Antysemityzm NOW W październiku 1942 w Lasach Kraśnickich oddział NOW Leona Cybulskiego „Znicza” zabił 40 Żydów, byłych żołnierzy WP, którzy zbiegli z obozu w Lublinie. Uciekinierzy skryli się w bunkrach. Żołnierze NOW otoczyli ich i obrzucali granatami. Cybulski motywował zbrodnię antysemityzmem. Po wojnie zeznawał: Na Żydów wyroki nie były wydawane bezpośrednio na każdego. Na odprawach organizacji NOW było mówione, że obowiązkiem każdego członka jest, aby tępić niemiłosiernie Żydów, bo Żydzi to prawdziwi komuniści i rządzą oni w Rosji, a później będą rządzić w Polsce i dlatego należy ich usuwaćDariusz Libionka, Narodowa Organizacja Wojskowa i Narodowe Siły Zbrojne wobec Żydów pod Kraśnikiem – korekta obrazu, w: Zagłada Żydów., [w:] Studia i Materiały R. 2011, nr. 7, Warszawa 2011, s.