W czasie I wojny światowej Boletini przyłączył się do albańskiego ruchu partyzanckiego (kaczaków), walczących przeciwko Serbii. Pod koniec 1915 przybył z oddziałem do Szkodry, gdzie przebywał w miejscowym hotelu z uwagi na pogorszenie stanu zdrowia. W styczniu 1916 w czasie próby rozbrojenia został zastrzelony wraz z synami Halilem i Seidem przez oddział czarnogórski, dowodzony przez Radomira Vešovicia. Zwłoki Boletiniego pochowano w Podgoricy, w 1998 zostały przeniesione do meczetu w Mitrovicy, gdzie poddano je oględzinom. Ostatecznie w 2015 pochowano je w grobowcu we wsi Boletin. W uroczystości wziął udział prawnuk Isy, Gazmend Boletini.
Był żonaty, miał dziewięciu synów i pięć córek.
Pamięć W 1986 odsłonięto w Szkodrze 5-metrowy pomnik Isy Boletiniego, dłuta Shabana Haderiego. Pomnik Boletiniego stoi także w Kosowskiej Mitrowicy, tam też działa uniwersytet jego imienia (Universiteti i Mitrovicës "Isa Boletini"). Imię Boletiniego nosi gimnazjum w Kamzie, a także ulice w Tiranie, Prisztinie, Mitrowicy, Uroševacu i w Gnjilanem.