Został aresztowany w nocy z 31 sierpnia na 1 września 1907, i osadzony w X Pawilonie Cytadeli Warszawskiej. W sierpniu 1908, wyrokiem Wojskowego Sądu Okręgowego uniewinnił go z braku dowodów, dzięki korzystnym zeznaniom świadków. Przeciwko wyrokowi zaprotestował szef Ochrany, dysponujący zeznaniami zdrajców z OB PPS. W tej sprawie warszawski generał-gubernator Gieorgij Skałon zwrócił się do ministra Piotra Stołypina proponując zesłanie w trybie administracyjnym na 5 lat na Syberię. W grudniu 1908, Stołypin zesłał Dehnela na cztery lata do Kraju Narymskiego w guberni tomskiej. Od kwietnia 1909, Dehnel przebywał w Tomsku, skąd z pomocą żony, zbiegł poprzez Moskwę, Petersburg, Szwecję, Kopenhagę, Belin, Wiedeń.
Rozpoczął ponowną działalność w Krakowie, wchodząc w skład Rady Partyjnej PPS. Brał udział w organizowaniu Związku Walki Czynnej. W okresie 1912 - 1913 kierował Wydziałem Zagranicznym PPS. Odsuwał się jednak od działalności partyjnej.
W lecie 1913, przeniósł się do Lwowa, gdzie podjął pracę w księgarni. W okresie I wojny światowej utrzymywał się z prywatnych lekcji. W listopadzie 1918. wziął udział w walkach polsko-ukraińskich o Lwów.