Batalion Słoweński został przeniesiony do miasta Tułun, gdzie też ochraniał linię kolejową. Pozostałe bataliony z dowództwem pułku pozostawały w Niżnieudińsku do 30 stycznia 1920 r., kiedy – wobec ofensywy wojsk bolszewickich – wraz z 12 Pułkiem Czesko-Słowackim zaczęły się wycofywać w kierunku Irkucka. Kiedy pułk tam się tam znalazł, jego dowództwo dowiedziało się o porozumieniu Korpusu Czechosłowackiego z bolszewikami. W rezultacie 16 lutego Bataliony Serbski i Chorwacki na czele z mjr. Serticiem przeszły na stronę bolszewików, po czym zostały przeformowane w 1 Jugosłowiański Batalion Sowiecki i włączone w skład 3 Dywizji Internacjonała. W czerwcu 1920 r. batalion został z kolei przemianowany na 3 Batalion Obrony Linii Kolejowych i przeniesiony do Piotrogradu, gdzie przekształcono go w kompanię jugosłowiańską 2 Moskiewskich Kursów Piechoty. Natomiast Batalion Słoweński i kompania inżynierska, które były wcześniej odłączone od reszty pułku, przemaszerowały na Zabajkale, gdzie dołączył do nich Serbski Dywizjon Konny ze składu Ochotniczego Pułku Serbów, Chorwatów i Słoweńców im. Majora Blagoticia, wziętego do niewoli przez wojska bolszewickie. Połączone oddziały przybyły do Czyty. W poł. kwietnia 1920 r. przeszły do Władywostoku, gdzie podporządkowały się Jugosłowiańskiej Misji Wojskowej. Ich liczebność osiągnęła ok. 3 tys.