Set the Boy Free.

Wczesne życie Marr urodził się 31 października 1963 roku w w Manchesterze jako syn Johna Josepha Mahera i Frances Patricii Doyle, irlandzkich emigrantów pochodzących z hrabstwa Kildare. Jego rodzina początkowo mieszkała w Ardwick Green, ale w 1972 roku przeniosła się na osiedle mieszkaniowe przy Altrincham Road w . Marr uczęszczał do szkoły podstawowej St Aloysius w Ardwick, po czym przeniósł się do szkoły podstawowej Sacred Heart. W 1975 roku został uczniem katolickiej szkoły gramatycznej St Augustine’s w Sharston, która w 1977 roku połączyła się z innymi placówkami, tworząc szkołę średnią St John Plessington. Marr marzył, by zostać profesjonalnym piłkarzem. Został zaproszony przez Nottingham Forest i odbył testy w młodzieżowej drużynie Manchesteru City.

Marr przyznał po latach, że przeprowadzka jego rodziny do Wythenshawe była „jak przeprowadzka do Beverly Hills” i że dzięki niej poznał „grupę gitarzystów”, co „zmieniło jego życie”. Gitarzysta , późniejszy członek zespołu The Cult, grał w szkolnym zespole, który ćwiczył po drugiej stronie ulicy od nowego domu Marra, a Marr przesiadywał tam i słuchał ich prób. Nauczył się grać na gitarze z płyt winylowych i słownika akordów gitarowych bez pomocy nauczyciela.