rocznicę procesu.
Więzienie w zabudowaniach poklasztornych było po wojnie zajmowane przez Urząd Bezpieczeństwa Publicznego (więziono tam m.in. ludzi związanych z AK). Po likwidacji więzienia budynki poklasztorne zostały przekazane na siedzibę muzeum archeologicznego.
W latach 60. XX wieku, w obrębie zabudowań dawnego klasztoru, postawiono budynek, który stał się siedzibą geologicznej placówki badawczo-muzealnej PAN. W 1966 roku powstała Pracownia i Muzeum Geologii Młodych Struktur.
W piwnicach części budynku zachowały się fragmenty murów wczesnośredniowiecznych budowli obronnych jednej z przedlokacyjnych osad Krakowa – Okołu.
Zbiory Zbiory muzeum ujęte są w kolekcje. W zasobach muzeum znajdują się sto trzydzieści dwie kolekcje dokumentalne (niekiedy wiele tysięcy okazów), siedemdziesiąt dwie kolekcje porównawcze i dwie dydaktyczne.
Muzeum ma największą w Polsce kolekcję meteorytów (333 okazy).
Jednym z najcenniejszych okazów jest wielka szczotka kryształów halitu (skupienie kryształów o rozmiarach do 10 cm) pozyskana w 1901 roku w Grotach Kryształowych w Wieliczce.