Wojny husyckie spowodowały przerwę w budowie, którą wznowiono w latach 80. XV wieku. Dokończono wówczas nawy boczne ze sklepieniami krzyżowymi, girlandową kaplicę oraz transept. Architektem był wówczas Matěj Rejsek, a później Benedykt Rejt. W roku 1499 zasklepiono chór. Budowę zakończono w roku 1558 (Rejt zmarł w 1534), a właściwie przerwano, gdyż Kutnej Hory nie było już stać na dalsze jej finansowanie. Kościół jest bezwieżowy. Wnętrze jest pięcionawowe. Na zewnątrz zwracają uwagę liczne przypory, sterczyny i rzygacze.
Z tego okresu pochodzi chór, tabernakulum i balustrada w prezbiterium. W jednej z kaplic pojawiły się freski z motywami górnictwa i mennictwa, czyli zajęciami związanymi z Kutną Horą. W kaplicy Smíškowskiej znajdują się malowidła późnogotyckie, przedstawiające scenę wojenną z ówczesnym kierownikiem budowy Michalem Smíškiem z Vrchoviszt, przygotowującym wraz z rodziną ołtarz do mszy.
W 1626 do miasta przybyli jezuici. Kościół był wówczas zaniedbany, więc zakonnicy dokonali niezbędnych przeróbek i prac konserwacyjnych. Powstał wtedy m.in. barokowy chór i kaplica św. Franciszka Ksawerego, a później ołtarz Ignacego Loyoli w nawie północnej. Zmianie uległ dach – siodłowy zastąpił pierwotny namiotowy.