Życie prywatne 29 lipca 1965 poślubił Carole Vanerstrom, z którą miał córkę Jennifer (ur. 1968). Kiedy do jego domu na Bulwarze Zachodzącego Słońca (Sunset Boulevard) sprowadził się Charles Manson, Wilson wraz z żoną uczestniczył w orgiach pod kierunkiem Mansona, próbował również po raz pierwszy heroiny. 14 stycznia 1968 rozwiódł się ze swoją żoną. Wilson był pod urokiem Mansona, uzależnienił się od narkotyków i alkoholu. Kilka miesięcy przed zbiorowym morderstwem członków sekty Mansona podczas lata ’69, Manson przybył bardzo pobudzony nocą do domu studia nagrań Briana Wilsona na Spahn Ranch.
4 sierpnia 1970 ożenił się z Barbarą Charren, z którą miał dwóch synów: Carla (ur. 1972) i Michaela (ur. 1973). Lecz i ten związek rozpadł się 7 sierpnia 1974. Był dwukrotnie żonaty z Karen Lamm, ex-żoną Roberta Lamma; od 21 maja 1976 do 19 września 1977 i od 28 lipca 1978 do roku 1980. Był także związany z Christine McVie (1978–1979) z zespołu Fleetwood Mac. 28 lipca 1983 poślubił Shawn Marie Love, z którą miał syna Gage’a (ur. 1982).
Zmarł 28 grudnia 1983 w wieku 39 lat podczas nurkowania w oceanie w kalifornijskiej zatoce Marina del Rey poprzez utonięcie. Jego ciało zostało złożone w morzu u wybrzeży Kalifornii.