Red Hot Chili Peppers wydał w 2002 album By the Way. W 2004 roku Frusciante wydał kolejny album solowy, Shadows Collide With People. Był to jego pierwszy album, który uplasował się na amerykańskich listach przebojów. W 2004 roku Frusciante wydał serię sześciu nagrań w ciągu sześciu miesięcy(każde z nich powstało przy współpracy z Joshem Klinghofferem). W 2006 roku Red Hot Chili Peppers wydał podwójny album studyjny zatytułowany Stadium Arcadium, zawierający 28 utworów.
Albumy Albumy studyjne Solowe Rok Tytuł Uwagi 1994 Niandra Lades and Usually Just a T-Shirt Wytwórnia: American Recordings (#68-02) Data wydania: 8 marca 1994 Format: CD, kaseta magnetofonowa Pierwszy album solowy wydany w kulminacyjnym momencie uzależnienia od narkotyków 1997 Smile from the Streets You Hold Wytwórnia: Birdman (BMR #016) Data wydania: 26 sierpnia 1997 Format: CD Wycofany z rynku na prośbę Frusciante Frusciante planuje ponowne wydanie albumu 2001 To Record Only Water for Ten Days Wytwórnia: Warner Bros.