W momencie rozpoczęcia Restauracji Burbonów kościół był niemal gotowy, pozostały jedynie prace dekoratorskie. Ludwik XVIII, zachęcony tym faktem, planował uczynić z kościoła świątynię wyrażającą żal za śmierć Ludwika XVI i Marii Antoniny. Z powodu braku pieniędzy musiał jednak zrezygnować z tego pomysłu i ograniczyć się do wzniesienia Kaplicy Pokutnej. Dalsze prace nad kościołem de la Madeleine prowadzili wówczas architekci Vignon i Huve. Zostały one na nowo zahamowane przez rewolucję lipcową.
Ludwik Filip I miał poważne wątpliwości co do kontynuowania obiektu, który kojarzył się z odsuniętymi od władzy Burbonami i rozważał nawet zmianę przeznaczenia kościoła na dworzec. Ostatecznie jednak zgodził się na wsparcie budowy świątyni, pod warunkiem, że będzie to zwykły kościół parafialny, bez możliwości podniesienia do wyższej rangi. Ostateczne poświęcenie obiektu miało miejsce w 1842, dokonał tego arcybiskup stolicy Francji Denys Auguste Affre.
W świątyni tej organistami byli m.in. Camille Saint-Saëns i Gabriel Fauré.