Kryzys gospodarczy oraz nadchodzące zmiany ustrojowe spowodowały zahamowanie tej oraz wielu innych inwestycji komunikacyjnych w mieście. W 1990 ostatecznie zakończono odcinek przebiegający pod peronami dworcowymi oraz zmieniono wiele decyzji projektowych. Przedsięwzięcie miało być dalej realizowane, lecz już dla połączenia północ-południe. Zarzucono także koncepcję metra na rzecz szybkiego tramwaju. Prace zostały wznowione w 1995 i do 1999 oddano kolejny, 605-metrowy odcinek pod ul. Lubomirskiego, jednak jeszcze bez wylotu.
Po raz trzeci inwestycję wznowiono w 2004, po rozstrzygnięciu przetargu na jej ostateczne dokończenie, który wygrała tureckie przedsiębiorstwo Güriş. W tym samym czasie wokół Dworca Głównego rozpoczęto szereg innych przedsięwzięć takich, jak budowa Dworca Autobusowego MDA oraz Galerii Krakowskiej, pod którą miał przebiegać kolejny odcinek tunelu. Na przełomie 2004 i 2005 wykonano wykopy pod kolejny podziemny przystanek, Politechnikę. Jednocześnie ostatecznie pogrzebano możliwość dalszego przedłużania obiektu pod Śródmieściem, nie decydując się na zostawienie miejsca na dodatkowy wylot w kierunku zachodnim.