W 1940 kolejną świątynię parafialną urządzono w dawnej synagodze Ahawat Raim (wykorzystywanej przez okupantów niemieckich jako stolarnia) przy ulicy Szpitalnej. Budynek został przystosowany do potrzeb liturgii prawosławnej i konsekrowany jako cerkiew Zaśnięcia Przenajświętszej Bogurodzicy Maryi. W latach 1940–1945 Kraków był oficjalną rezydencją biskupa krakowskiego i łemkowskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego w Generalnej Guberni.
W 1948 parafia (wraz z całym dekanatem krakowskim) weszła w skład diecezji łódzko-poznańskiej. W tym samym roku wspólnota zyskała stałego proboszcza.
Pod koniec lat 60. XX w. rozpoczęto generalny remont i przebudowę świątyni, przy znacznej pomocy finansowej ze strony państwa. Prace trwały do 1984. W tym czasie cerkiew wyposażono w nowy ikonostas, autorstwa Jerzego Nowosielskiego. Po zakończeniu remontu cerkiew została ponownie konsekrowana.
Pod koniec lat 90. wykonano (również pod kierunkiem Jerzego Nowosielskiego) polichromie w refektarzu cerkwi.
10 stycznia 2014 dekretem arcybiskupa łódzkiego i poznańskiego Szymona otwarto przy krakowskiej parafii Diecezjalne Biuro Pielgrzymkowe, organizujące wyjazdy do prawosławnych sanktuariów.
Od marca 2022 r.