W czasie walk o Gdańsk (marzec 1945) całkowitemu zniszczeniu uległ budynek cerkiewny.
Istotnym dla rozwoju społeczności parafialnej był rok 1945, kiedy to po przyłączeniu byłego Wolnego Miasta Gdańska do Polski na miejsce wysiedlanej ludności niemieckiej zaczęli masowo napływać polscy repatrianci z terenów utraconych na rzecz ZSRR, a także mieszkańcy terenów przeludnionych. Pojawiła się duża grupa prawosławnych wilnian, do pracy przyjeżdżało też sporo młodzieży z terenów wschodnich. Ludzie ci zakładali tu swe rodziny, domy, powoli wrastali w nowe środowisko. Dlatego też już w 1945 organizowano pierwsze nabożeństwa prawosławne w kościele ewangelickim w Sopocie. Ks. Eugeniusz Naumow, ówczesny prawosławny duszpasterz Trójmiasta, otrzymał w 1946 od władz miejskich budynek we Wrzeszczu, przy ulicy Henryka Sienkiewicza 8, gdzie w domowej cerkwi rozpoczęło się regularne życie religijne. 6 grudnia 1948, w dniu patrona wspólnoty, cerkiew ta została konsekrowana przez arcybiskupa Tymoteusza (Szrettera).