W wieku XIX imamowie tej drugiej linii zaczęli się posługiwać dziedzicznym tytułem Aga Chan, stąd ich zwolennicy są znani obecnie jako aga chanowie. Wydaje się, że początkowo większe znaczenie miała linia Muhammad Szahi, która cieszyła się szczególnym poważaniem w Iranie i Azji Środkowej. Ich najsłynniejszym imamem był Szah Tahir (imam 1509-ok. 1545), który jednak w wyniku prześladowań szacha Iranu Isma’ila (pan. 1501–1524) musiał uciekać do Indii. Odtąd rezydujący w Indiach imamowie Muhammad Szahi zaczęli tracić swych zwolenników w Iranie, a w wieku XVIII także na subkontynencie. Od roku 1796 syryjscy nizaryci wierni linii Muhammad Szahi nie mieli żadnych wieści od swojego imama, Muhammada al-Bakira. Ponieważ późniejsze poszukiwania jego potomków nie przyniosły rezultatu, w roku 1887 większość nizarytów syryjskich linii Muhammad Szahi złożyła przysięgę wierności aga chanom, reprezentowanym przez Agę Chana III (imam 1885–1957). Pozostali w Syrii zwolennicy linii Muhammad Szahi pod koniec XX wieku liczyli około 15 tysięcy ludzi.