Postawa Gignaca w Lorient zaowocowała latem 2007 transferem do Toulouse FC, do którego przeszedł za 4,5 miliona euro. W nowym zespole po raz pierwszy wystąpił 4 sierpnia w przegranym 1:3 spotkaniu z Valenciennes FC. W całym sezonie zdobył tylko 2 gole i walczył o miejsce w składzie ze Szwedem Johanem Elmanderem i Gwinejczykiem Fodé Mansaré. Po odejściu Elmandera latem 2008 do Boltonu Wanderers stał się liderem ataku drużyny z Tuluzy. W sezonie 2008/2009 strzelił dla Toulouse 24 gole i został królem strzelców francuskiej ligi. Z Toulouse zajął 4. miejsce w Ligue 1.
W sezonie 2010/2011 został zawodnikiem Olympique Marsylia.
W czerwcu 2015 na zasadzie wolnego transferu przeniósł się do meksykańskiego Tigres UANL, Televisa Deportes, www.deportes.televisa.com, 17 czerwca 2015 [dostęp 24 grudnia 2015].. W tym samym roku doszedł z Tigres do finału Copa Libertadores, a w jesiennym sezonie Apertura 2015 zdobył mistrzostwo Meksyku, zostając wybranym w oficjalnym plebiscycie najlepszym piłkarzem ligiMark Rodden, France’s Andre-Pierre Gignac named Liga MX MVP, ESPN, www.espnfc.com, 17 grudnia 2015 [dostęp 24 grudnia 2015]..
1 lutego 2026 roku w barwach Tigres UANL otrzymał swoją pierwszą czerwoną kartkę w karierze, ponieważ gwałtownie zaczął protestować przeciwko decyzji sędziego.