Na pierwszego dyrektora wyznaczony został Jerzy Beniamin Flatt, który wysłany został do Niemiec oraz Szwajcarii dla zwiedzenia istniejących tam od niedawna rolniczych zakładów naukowych, mianowicie w Hofwylu istniejącej od r. 1804 szkoły rolniczej pod kierunkiem Emmanuela Fellenberga, oraz do Möglin, gdzie w r. 1807 słynny Albrecht Thaer, zwany ojcem rolnictwa naukowego, otworzył zakład rolniczy. Oficjalne otwarcie uczelni nastąpiło w 1820, ale pod inną, ostateczną już nazwą – Instytut Agronomiczny.
Siedzibą Instytutu był dawny pałacyk Marii Kazimiery, żony Jana III Sobieskiego. Na parterze budynku zlokalizowano kaplicę, a na piętrze – gabinety. Plan przebudowy i przystosowania budynku do potrzeb Instytutu przygotował architekt Antonio Corazzi, który zaprojektował też gmach główny szkoły.
Instytut Agronomiczny składał się początkowo z jednej klasy, która kształciła przyszłych ekonomów i zarządców większych dóbr. W 1822 nastąpiła reorganizacja Instytutu. Od tej pory uczelnia prowadziła kształcenie na dwóch poziomach nauczania: wyższym (dla przyszłych ekonomów i zarządców dóbr oraz synów właścicieli ziemskich) oraz elementarnym (dla przyszłych kwalifikowanych robotników – parobków, owczarzy, gorzelnianych itp.).