W 1913 roku założył własną Partię Postępową. Po śmierci Yuan Shikaia 6 czerwca 1916 roku jako jego zastępca automatycznie przejął stanowisko głowy państwa. Był przeciwnikiem wypowiedzenia wojny Niemcom i zaangażowania się Chin po stronie Ententy. W wyniku konfliktu z członkami rządu Duan Qiruia w czerwcu 1917 rozwiązał parlament, a także wezwał na pomoc oddziały zbrojne pod dowództwem Zhang Xuna. Gdy ten po wkroczeniu do stolicy 1 lipca 1917 roku proklamował restaurację monarchii, Li odmówił przyjęcia proponowanego mu wysokiego stanowiska i schronił się w poselstwie japońskim w Tianjinie. Po przywróceniu rządów republikańskich 17 lipca nowym prezydentem został dotychczasowy zastępca Li, Feng Guozhang.
Na urząd prezydenta (władz w Pekinie) został powołany ponownie 11 czerwca 1922 roku w wyniku zwycięstwa kliki Zhili w I wojnie z Fengtian (kwiecień–maj 1922). Podczas swojej prezydentury próbował przywrócić stabilność państwa i ukrócić rządy militarystów, m.in. poprzez powołanie gabinetu złożonego z technokratów i apel o demobilizację wojskJ. Polit, op.cit., s. 95.