Studiował na wydziale sztuk wyzwolonych Akademii Krakowskiej, a następnie, w latach 1575–1576, studiował prawo w Padwie. Znał kilka języków. Po powrocie do kraju pracował w magnackiej siedzibie Mikołaja Firleja, a następnie w kancelariach królów i był sekretarzem Zygmunta Augusta i Stefana Batorego. W 1577 roku po śmierci ojca przejął Drukarnię Łazarzową znajdująca się przy ulicy Gołębiej i zajął się jej rozwijaniem. Jan zaczął wprowadzać reformy i ulepszenia. Wzorował się na oficynach zagranicznych i na drukarzach m.in. na Aldo Manucjuszu, rodzinie Estienne’ów i Plantina. Nie stosował ilustracji drzeworytu, próbował za to miedziorytu. Wprowadził duże, ozdobne inicjały. Podjął drugą po Wietorze próbę stworzenia czcionki narodowej – antykwy i kursywy oraz ustalenia ortografii polskiej. Stworzył wzory nowych czcionek, prostych i ukośnych, dostosowanych do wymagań fonetyki i pisowni języka polskiego. Usiłował wprowadzić oryginalną, polską czcionkę. Wydał projekt nowej ortografii polskiej, Nowy Karakter Polski z Drukarni Łazarzowe i Ortografia Polska:Jana Kochanowskiego, Łukasza Górnickiego i Jana Januszowskiego (1594).